上人思索生命尊嚴應平等無異，為徹底解決東部貧困的根源，於一九七九年五月十日的慈濟委員聯誼會上宣布興建醫院構想，希望能永久延續佛教的精神慧命。

上無片瓦，下無寸土，上人不顧身軀孱弱，全臺辛勞奔走不遺餘力，其間經歷的艱難波折、血淚辛酸，實難一一盡述；卻也開啟大眾的善心，逐漸匯成一股愛的長流。

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硬體建築即將完成之際，一九八五年元月，慈濟醫院第一次公開登報招考醫師，除了牙科有兩位醫師前來外，其他科無人報考。慈院籌建委員會委員，時任臺大醫院院長的楊思標教授，與時任臺大醫院副院長的杜詩綿教授都認為，唯有與臺大醫院建教合作，才 能確保開業初期的醫師來源。 　　

終在當時臺大醫院外科陳楷模主任大力協助下，第一位骨科陳英和醫師應允前來，但各科之主治醫師仍十分難尋。開業初期仍以輪調方式，由臺大醫院醫師支援。一九八六年八月一日，教育部核准慈濟醫院與臺大醫院簽署建教合作。

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秉持師尊印順導師「為佛教、為眾生」慈示之證嚴上人，一九六六年於花蓮成立克難慈濟功德會，隨即與信眾展開訪貧救濟的慈善工作，於其間每每見到貧、病、孤、老集於一家的苦相，上人體認到「因病而貧、因貧而病」的惡性循環，遂於一九七二年在花蓮市仁愛街二十八號成立「慈濟功德會附設貧民施醫義診所」，為慈濟醫療志業之肇始。

　　上人憶及功德會成立不久，曾和委員前往花蓮鄉間探視一戶貧苦家庭，驚見因工作受傷癱瘓的男主人躺在門邊，有隻大老鼠正啃食其下肢的腐肉，即使有人接近，老鼠仍不畏懼，令人深感病痛纏身、無法自主之苦；不久，瘦弱的太太挑著兩大把玉米桿自田裡歸返，身旁還跟著三、四個年幼的孩子，彼時情景，至今回想仍感心碎。「當時花蓮鄉間，有不少類似的貧病個案。感於貧苦人無力就醫，遂成立義診所；且利用假日遠赴玉里、臺東義診。」

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正當慈濟積極進行籌建事宜時，突然接到通知國福里院址變為佳山計畫軍用地。此訊如青天霹靂，上人自此不吃不睡，憂心如焚。之後，上人決定，如果醫院蓋不成，就要將已募得的款項，一筆一筆退給捐款者。　　

　　現為慈濟基金會副總執行長的林碧玉師姊，自上人宣布籌建醫院後，便為醫院土地四處奔忙，現在又須一切從頭開始，再覓土地，經過多番奔走，終於塵埃落定於新生南路，也就是中央路三段之現址。

　　一九八四年四月二十四日，慈濟醫院二度舉行動土開工典禮，建地面積八．九六一公頃；其位置、面積、四周環境，都較原預定地為佳。

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一九八九年杜詩綿院長因肝腫瘤辭世，上人與全體慈濟人難捨悲痛。爾後，由烏腳病與高血壓研究專家曾文賓副院長接任第二任院長，帶領全院戮力發展，順利於一九九八年通過準醫學中心之評鑑。一九九九年七月，曾文賓院長交棒榮退升任榮譽院長，由年輕的骨科才俊陳英和副院長接任第三任院長。二○○二年慈院升格為東臺灣唯一的醫學中心，並最早通過ISO國際認證。

　　全院現有建築除大愛樓外，第二期為感恩樓；因應醫學中心日益增加的需求，第三期為具隔震效果，設有急重症中心與病房的合心樓；為提昇醫療研究，兼具行政與研究功能的協力樓，儀器設備齊備新穎，專業醫療更臻善境。

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