服務項目
1.一般病理切片檢查
每年約有一萬伍仟例外科標本。
2.特殊染色
a.常規特殊染色
b.免疫組織化學染色
c.腎臟及皮膚免疫螢光染色
3.細胞學檢查包括
a.婦科子宮頸抹片：每年約一萬例
b.非婦科細胞學檢查：包括腹水、胸水、痰液、尿液及組織抽取物，年約三仟例。
4.病理解剖
每年約10例左右的病理解剖例， 各種型式的疾病均有， 可以訓練住院醫師對疾病有整體概念。
重要儀器及設備
1.常規病理檢查設備包括：脫水機、包埋機、普通切片機、冷凍切片機。
2.細胞學檢查包括：細胞離心機。
3.分子病理包括超高速離心機、DNA分子光譜機、PCR機器、in situ hybridization設備等。
師資陣容
目前部內有六位資深主治醫師。
SPC討論會（Surgical Pathological Conference）
截至102年3月20日為止，慈濟醫院之外科病理討論會（Surgical Pathological Conference）累計已達682次，各科臨床醫師藉由對外科病理討論的積極參與，將臨床診斷結果與病理切片做縝密的比對，對醫療水準的提升確有顯著的效果。
慈濟醫院一本尊重生命，以人為本的精神，對醫療品質的管理向來不遺餘力，隔週週三下午17:30~18:30舉行全院外科病理討論會，討論二個外科手術個案。皆於主治醫師討論室，針對該兩週所做的800餘例病理切片，選擇最特殊且具教學價值的二例，進行研討。會中由該例的主治醫師主講介紹臨床症狀及表徵，並由病理科許永祥主任及科內主治醫師介紹病理變化，多位相關科別的醫師參與討論，此舉不但可嘉惠患者，對醫師學術風氣的維繫亦厥功甚偉。
CPC討論會（Clinicopathological Conference）
截至102年3月31日為止，本院病理解剖例已達320例，每季週三中午12:30~14:00舉行臨床病理討論會（CPC），藉由臨床表現及病理分析，以探討疾病病因及死因，到101年12月31日為止共舉行了135次，住院醫師可經由討論過程，知道疾病的演變，目前在國內各大醫學中心裏面，本院算是仍然持續進行的醫院，對住院醫師的訓練是最札實的。
未來展望
1.逐年招收住院醫師，經訓練完成後，可以留下當主治醫師，提升服務品質。
2.培養次專科人才，送資深主治醫師到國內外醫學中心研修病理次專科，期望能在研究及服務品質上有所助益。
3.研究發展：以花東常見疾病為中心，期望設立三大研究方針包括
(1)分子病理診斷包括T.B；HPV&HHV-8
(2)腫瘤研究室包括乳癌致癌及轉移之研究
(3)分子生物研究室包括高血壓及敗血症研究
(4)腦癌新藥開發
(5)胰臟癌分子病理研究
4.論文發表：每年均有論文在國內外發表，期望每位醫師均能以論文升等。
