大內科住院醫師訓練，分成兩階段訓練。第一至第三年住院醫師，主要訓練內容為一般病房訓練、加護病房訓練、急診訓練、一般內科會診訓練、參與學術研討會、病例討論會及學者專家特別演講會。一年期PGY選修一般醫學內科組，前6個月在一般醫學內科受訓。兩年期PGY選修一般醫學內科組， 前12個月在一般醫學內科受訓(PGY1: 3個月，PGY2: 9個月)，完成三年訓練後，可參加台灣內科醫學會專科醫師考試，取得內科專科醫師資格；歷年住院醫師參加內專醫師考試錄取率優異。
第二階段為次專科訓練，可訓練的次專科有心臟內科、胸腔內科、腸胃內科、新陳代謝暨內分泌科、腎臟內科、腫瘤科；內科下各專科擁有訓練次專科能力。完成兩年訓練後，可參加次專科醫師考試，取得次專科醫師資格；歷年資深住院醫師參加次專科考試錄取率亦非常優異。