心血管暨粒線體相關疾病研究中心於民國108年8月正式成立，並延攬黃志揚講座教授擔任花蓮慈濟醫院副院長兼中心主任，積極規劃研究方向、培育人才，進而提升學術研究能量。本中心的任務為「進行心血管疾病與癌症之科學研究，致力於以科學方式驗證中西醫合療對人類疾病治療與預防老化之功效，加速本院成為世界中西藥合療研究的領導地位，進而推動中西藥合療的全球化目標」，並將所研發的重要成果技術轉移，帶動台灣生技產業之發展。

本中心有五大研究方向：

1. 轉譯醫學研究: 著重於癌症、精神疾病、幹細胞治療等轉譯研究。

2. 中西醫合療研究: 建立中西藥合療理論與應用研究及中醫藥新藥開發。

3. 外泌體(exosome) 和小分子核糖核酸（miRNA）研究: 著重於exosome和miRNA在癌症與心血管疾病的研究，進而找尋癌症與心血管疾病的新生物標誌物與治療靶點。

4. 生殖醫學研究:著重於以中醫藥合療觀點來提升生殖科技與改善不孕婦女之生殖能力。

5. 幹細胞與再生醫學研究:著重於找尋中草藥與其活性化合物，增加幹細胞再生之能力。