【沿革】
藥學部成立於民國75年7月，當時部門名稱為「藥劑科」。編制設有主任一人，藥師二人。當時的門診及住院人數合計約三百人。由於一切尚在起步，工作內容只有調劑與製劑二項。
民國76年間，本院通過公、勞保給付，隨即病患人數急遽增加，藥劑科人力也隨之擴編，組織下轄二組，包括藥劑組、臨床藥學組。此時本院開始建立藥師進階制度(P1→P4)，這一年也開始接受各大專院校藥學系學生實習申請。
民國 79年4月起，門診調劑由傳統的手寫藥袋，升級為醫囑系統確認處方後，即自動列印藥袋，免去書寫藥袋時間；並安排二位藥師雙重核對檢查每一份即將發給病人的藥品。
民國80年起，藥劑部除定期派員至其他醫院受訓之外，每天早上安排讀書報告、科內研討會、專題演講，邀請花蓮地區各醫療院所之藥師共同參與。
民國81年，住院調劑全面改採單一劑量(UDDS)配送，以自動配藥機代替人工數藥，為東部地區第一家實施UDDS作業之醫療院所。
民國85年，配合本院中醫科成立，藥劑科也增設中藥局，由二位具中藥學分的藥師與四位技術員，負責科學中藥與飲片的調劑。
民國91年通過衛生署評鑑優等，本院成為東部唯一的醫學中心。
民國98年，藥劑科升格為「藥劑部」，原先的藥劑組與臨床藥學組，升格為「藥劑科」與「臨床藥學科」。「藥劑科」下轄調劑組、製劑組、中藥組、藥品管理組；「臨床藥學科」下轄臨床組與教研組。將台灣臨床藥學會藥師進階考核內容，微調併入本院藥師進階考核，旨在透過專業的考核制度，讓藥師資歷與病患照護能力與日俱增。
民國100年，建立臨床藥師專科訓練計畫與考核制度。包括感染專科、心臟專科、重症內科、重症外科、骨髓移植專科、小兒專科、老人醫學專科、癌症專科等八大專科臨床藥事照護。臨床藥師主要角色是與臨床醫師合作，審查處方、提供藥物諮詢、參與藥物不良反應管理、藥物交互作用分析等。
民國107年，藥劑部更名為藥學部。
本院為東部唯一醫學中心與教學醫院，設置有完整的藥事體系，包括西藥、中藥、調劑、製劑、藥物管理、藥品審查、用藥教育、藥物安全監測等功能。也參與藥委會新藥審查、抗生素管理、管制藥品管理等決策機制。
花蓮慈濟醫院藥學部每年舉辦許多「藥事人員繼續教育課程」或相關研討會。課程涵蓋用藥安全、抗生素使用規範、疼痛控制、感染管制、醫療法規等。也與外部學會合作，例如臺灣臨床藥學會、藥學國際發展協會、台灣藥學會等，以促進院際間的專業交流。
慈濟醫院在醫護人員的用藥教育與社區民眾的用藥安全，是本院藥師不可推託的社會責任。從民國91年至今，慈濟醫院的藥師們，共同認養了200戶偏遠地區民眾的藥事服務；教授將近150位社區大學學員完成藥學知識學分；定期舉辦社區用藥安全講座；此外，本院藥師面對每天絡繹不絕而來的病患諮詢問題，整理歸納編寫成書，目前已經由原水文化和經典文化出版「醫院常用藥100問」、「15大國民藥事典」、「這些藥不能一起吃~遠離藥物交互作用」等三本暢銷書。
【宗旨】
人本醫療 尊重生命
【特色】
1.藥袋具彩色照片與資料庫QR cord
2.東區藥物不良反應通報中心
3.正確用藥教育資源中心
4.中醫藥安全衛生教育資源中心
5.藥師每月二次社區義診
6.已發行三本民眾正確用藥教育書籍
【組織架構】
【歷屆部主任】
1. 謝維清主任(1986~2012)
2. 劉采艷主任(2012迄今)