【沿革】
藥學部成立於七十五年七月，當時部門名稱為「藥劑科」。編制設有主任一人，藥師二人。當時的門診及住院人數合計約三百人。由於一切尚在起步，工作內容只有調劑與製劑二項。
七十六年間，本院通過公、勞保給付，隨即病患人數急遽增加，藥劑科人力也隨之擴編，組織下轄二組，包括藥劑組、臨床藥學組。也開始接受各大專院校藥學系學生實習申請。
七十九年四月起，門診調劑由傳統的手寫藥袋，改為電腦批價直接列印標籤方式作業，減少書寫藥袋時間；並安排二位藥師雙重核對檢查每一份即將發給病人的藥品。
八十年起，藥學部除定期派員至其他醫院受訓之外，每天早上安排讀書報告、科內研討會、專題演講，邀請花蓮地區各醫療院所之藥師共同參與。
八十一年，住院調劑全面改採單一劑量(UDDS)配送，以自動配藥機代替人工數藥，為東部地區第一家實施UDDS作業之醫療院所。
八十五年，配合本院中醫科成立，藥劑科也增設中藥局，由二位具中藥學分的藥師與四位技術員，接受科學中藥與飲片的調劑。
九十八年，藥劑科改制成為「藥劑部」，原先的藥劑組與臨床藥學組，升格為「藥劑科」與「臨床藥學科」。「藥劑科」下轄調劑組、製劑組、中藥組、藥品管理組；「臨床藥學科」下轄臨床組與教研組。
一0六年，藥劑部更名為「藥學部」。三十年來，由當初的三位藥師至今已有六十四位藥師、十二位行政人員；業務也從單純的調劑，到目前的臨床藥事服務與教學研究。
慈濟醫院在九十一年通過衛生署評鑑優等，成為東部唯一的醫學中心。醫護人員的用藥教育與社區民眾的用藥安全，是本院藥師不可推託的社會責任。從九十一年至今，慈濟醫院的藥師們，共同認養了200戶偏遠地區民眾的藥事服務；教授將近一百位社區大學學員完成藥學學分；定期舉辦社區用藥安全講座；此外，本院藥師面對每天絡繹不絕而來的病患諮詢問題，整理歸納編寫成書，目前已經出版「醫院常用藥100問」、「15大國民藥事典」與「這些藥不能一起吃-遠離藥物交互作用100例」三本書。
【宗旨】
人本醫療 尊重生命
【特色】
1.獲得2021年SNQ國家品質標章認證
2.東部第一家醫院採用全自動針劑包藥機
3.藥袋彩色照片與QR code提高辨識
4.東區藥物不良反應通報中心
5.衛福部藥品短缺通報暨評估計畫執行醫院
6.慢簽網路預約一站式領藥
7.藥師每月二次社區義診
8.藥師節探訪原住民兒童少年之家
9.已發行三本民眾正確用藥教育書籍
10.提供免費藥事照護門診諮詢服務
【組織架構】
【歷屆部主任】
1. 謝維清 主任 (1986~2012 )
2. 劉采艷 主任 (2012迄今 )