慈濟神經科自1992年成立，在院方持續的支持與張佐文、林堅熙、曹汶龍、徐偉成及辛裕隆醫師等歷任主任的帶領下，神經科目前不僅有完善的診斷設備，也有不亞於西部各大神經醫學中心全方面的治療能力。
花蓮慈院現有神經科專科醫師7名，診療的病症包括頭痛、腦中風、癲癇、老人失智症、巴金森氏病、神經退化疾病、運動神經元疾病、脊髓及神經根病變、腦部腫瘤、週邊及肌肉疾病。有別於其他醫學中心，本科的特色在於與神經外科的整合，如林聖皇主任與神經功能科陳新源主任的深部腦刺激術治療巴金森病的人次佔全台灣最多數。
醫學研究治療發展的潮流正往跨學科、跨領域、跨行業的整合邁進，如同與神經外科的合作在運作障礙的治療，以及與神經退化疾病治療科技的研發，慈濟神經科在心態上早已作好準備，實際上也已經踏出一大步。
未來，本科將繼續維持優良的教學傳統，提升學術研究能力，引進最新的診療技術與觀念，以及推動慈濟醫院所大力支持的幹細胞治療神經疾病的人體實驗。期望花蓮慈院神經科在上人的領導下，朝世界一流的神經醫學中心的治療與研究水準邁進。
重要榮耀
本科通過醫策會-疾病照護品質認證，獲得腦中風CVA標章。(效期：111年10月01日至 114年9月30日止) 
