研究者須提出研究計畫與申請文件並通過行政與倫理的審查，檢體與相關資訊才能提交給研究者使用。先由行政組承辦研究申請案的行政審查，在行政審查時所進行之檢體查詢與資料輸出依下述之資訊系統運作方式為之，通過審查後的申請案會送到本生物資料庫倫理審查委員會進行倫理審查，由本生物資料庫倫理委員會中的二位委員(在不同類別中各推選出一人)進行倫理審查的初審，委員們的初審意見必須再提交至本生物資料庫倫理委員會的會議中進行討論，並對申請案做出決議。審查結果可分為通過、修正與不通過三種，需修正的研究案於補正後送回行政組就補正的部份啟動審核程序，而不通過的研究案可經由申覆程序向本生物資料庫提出說明。 

在檢體釋出部份，總庫與分庫之間無檢體、資料結合釋出的情形。研究團隊向總庫或分庫提出使用申請後，由一方將申請案通知另一方，分別通過行政審查後，申請案再統一送交本生物資料庫倫理委員會進行倫理審查，通過倫理審查後，檢體與資料由總庫或分庫分別獨立釋出。總庫與分庫的資訊系統不以任何方式相連，以防止個人資料之洩露。