本生物資料庫之入庫作業流程主要分為兩個階段，第一階段為取得個案同意後的收案作業，第二階段為儲存管理作業。

收案前，由主持人組成收案團隊。第一階段由收案團隊成員向收案對象(包含對象本人或其法定代理人)詳細、清楚地說明關於收案的各項事宜。收案對象決定參與並簽署同意書後，依同意捐贈之檢體種類，遵照相關法規以及標準作業程序採集檢體，記錄收案對象之個人資料或病歷資料後，送交本生物資料庫生物醫學部門。

第二階段進行入庫作業時，由生物醫學部門內的行政組彙整資訊或資料進行資料之稽核、登錄並妥善保存，資訊系統再根據檢體資料重新編碼，再將新舊對照的編碼表與標籤交給檢體處理組。檢體處理組收取檢體、檢體編碼表和標籤後，清點檢體與進行編碼並妥善儲存與管理檢體。