一旦確定罹患骨質疏鬆症，也就是骨質密度T值≦-2.5，或者已經發生骨鬆性骨折，患者除了必須繼續保持身體活動，及從飲食中攝取充足的鈣、維生素Ｄ之外，醫生會開立藥物處方，設法減緩骨質流失的速度，希望能降低骨折發生的風險。
目前用於治療骨質疏鬆症的藥物基本上分為兩大類：
●第一類是「抗溶蝕性」藥物：功能是抑制骨骼的溶蝕作用，改變破骨細胞在骨骼表面進行的活動，藉以減緩骨質流失速度，這一類藥物包括荷爾蒙療法（HT）、選擇性雌激素受體調節劑（Selective Estrogen Receptor Modulators）、雙磷酸鹽藥物（Bisphosphonate）、抑鈣素（Calcitonin）。
●第二類是「同化性」藥物：作用是刺激造骨細胞，加速骨質生成，如副甲狀腺素（簡稱PTH）。
（１）荷爾蒙療法（Hormone Therapy，簡稱HT）
過去，雌激素被視為防止更年期女性骨質流失的好方法，並用於紓緩更年期的不適症狀，如熱潮紅、夜間盜汗、陰道乾澀等。
進入更年期之後，女性體內的荷爾蒙雌激素和黃體素會大幅減少，由於雌激素能促進骨質生成，維持骨骼健康，一旦減少，在更年期過後的最初幾年，女性的骨質密度經常會快速降低，所以，荷爾蒙療法就用來補充女性停經後減產的天然雌激素。
不過，2002年美國國家衛生研究院主持的一項大型研究「婦女健康計劃」（簡稱WHI），共有1萬6千多位50～79歲女性參與，發現使用Prempro（一種雌激素和黃體脂酮的混合劑，即所謂荷爾蒙補充療法「HRT」）平均5年的婦女，乳癌罹患率提高26％、心臟病29％、腦中風41％，出現這樣的結果之後，接受荷爾蒙補充療法的婦女大幅減少，而且，如果目的是預防或治療骨質疏鬆，有其他藥物或方法可行，因此目前醫界已經較少採用荷爾蒙療法來治療停經後婦女的骨質流失問題。
然而，女性荷爾蒙仍是一種有效的預防及治療骨鬆藥物，台大醫院副院長，專長治療骨質疏鬆的蔡克嵩醫師指出，如果是年輕、剛停經，且有明顯更年期症狀的女性，可考慮接受短期（大約1～2年，致病風險較低）、低劑量的荷爾蒙治療，只要更年期症狀獲得改善，就可停藥，並視情況改以其他抗骨鬆的藥物接續治療。
中華民國骨科醫學會理事長，林口長庚骨科部主任陳文哲認為，考量用藥安全，沒有嚴重更年期症狀的話，並不建議使用荷爾蒙療法，尤其是乳癌、心血管疾病高危險群更不宜使用，應選擇其他相對比較安全適合的藥物。
（２）選擇性雌激素受體調節劑（SERM）
這是一種新一代的類雌激素藥物，主要作用在骨骼組織的雌激素接受器上，可以仿效雌激素的效益，減少骨質流失，增加骨質密度，有效降低骨折發生率，而不會提高乳癌及子宮癌的罹患率，甚至有降低乳癌風險的效果。
這種藥物常見的副作用是熱潮紅及腿部痙攣，並會增加靜脈血栓性栓塞的風險，因此本身有病史的女性要避免使用這一種藥物。
（３）雙磷酸鹽藥物（Bisphosphonate）
雙磷酸鹽藥物是目前治療骨質疏鬆，防止骨折的主流用藥，藉由抑制破骨細胞作用，減緩骨質流失速度，提高骨骼的礦物質含量。臨床研究顯示，這一類藥物可以大幅降低脊椎及其他部位的骨折風險平均達50％以上，這種藥物除了經常用於停經後女性預防及治療骨質疏鬆，目前也是主要用於男性的口服治療骨鬆藥物。並且，對預防和治療類固醇所引起的骨質疏鬆症，雙磷酸鹽藥物也是建議用藥。
這一類藥物主要有口服及注射兩種，衛生署核准的口服雙磷酸鹽藥物，包括Alendronate（商品名Fosamax，福善美）、Risedronate（商品名Actonel，安妥良），每天或每週吃一次；注射雙磷酸鹽藥物則有Ibandronate（商品名BONVIVA，骨維壯），三個月施打一次，及今年剛上市的Zoledronic Acid（商品名Aclasta，骨力強），一年注射一針即可。
有些人使用雙磷酸鹽藥物之後，會出現胃腸不適症狀，如胃灼熱、消化不良等。而雙磷酸鹽藥物必須空腹服用，為了降低副作用及確保藥物被充分吸收，通常醫生會建議病人空腹喝一大杯開水吞服藥丸，並在服藥之後，無論坐、站或走路，需要保持挺直的姿勢至少30分鐘，另外也可能引起的其也副作用像是骨骼、關節或肌肉疼痛，這些症狀通常是發生在剛開始服藥的時候，屬於急性期反應，通常繼續用藥一陣子，症狀就會慢慢緩解。
最近幾年，有少數幾篇研究報告指出，長期使用雙磷酸鹽藥物反而可能發生骨折風險，病人在長期（超過5年）使用「福善美」之後，出現大腿骨骨折，為什麼本來用於治療骨質疏鬆的藥反而損傷骨頭？
醫界懷疑，可能是這一類藥物會阻礙骨骼本身的修復重建功能，因此反而讓骨骼變脆弱，甚至發生骨折。不過，目前並沒有足夠的科學證據足以確定兩者之間的關聯，還需要更多後續研究佐證。總結來說，目前醫界仍認為雙磷酸鹽藥物相當安全，病人不必太過恐慌而不敢服藥。而出現嚴重副作用的多半是服藥超過5年的病人，因此醫界認為，可讓病人採取間歇性服藥，例如連續使用雙磷酸鹽藥物3～5年的病人，考慮暫時停藥1～2年，等骨頭恢復自己新陳代謝的能力，在停藥期結束之後，做骨質密度檢查，假使骨質密度又開始往下掉，就開始繼續服藥。
（４）抑鈣素（Calcitonin）
抑鈣素是一種甲狀腺製造的荷爾蒙，可調節血流中的鈣量。女性在懷孕或哺乳期間，甲狀腺會大量分泌抑鈣素，避免因為這時候身體對鈣質的需求量提高而過度耗損。
目前，人工合成的抑鈣素用來治療停經後女性的骨質疏鬆，可以減緩骨骼的溶蝕作用，並且降低脊椎骨折風險。有兩種型態的藥劑，一種是注射型，另一種為噴鼻劑，而噴鼻劑（Miacalcic）比較常被使用。對因為骨質疏鬆而骨折的病人來說，抑鈣素還同時具有減輕骨骼疼痛的效果，且安全性高。噴鼻劑的抑鈣素可能引起的副作用是鼻腔發炎不適。
（５）副甲狀腺荷爾蒙（簡稱PTH）
不同於女性荷爾蒙、雙磷酸鹽藥物、抑鈣素等「抗溶蝕性」藥物，功能是抑制骨骼的溶蝕作用，藉此減緩骨質流失速度，從副甲狀腺荷爾蒙（PTH）提煉出來的藥物Teriparatide能刺激造骨細胞，加速骨骼生成速度。
使用這種藥物的人每天需自行注射在大腿或腹部，而由於醫學界還沒有確立長期用藥的安全性和療效，所以美國食品藥物管理局（FDA）建議，使用這種藥不應超過2年，而目前國內健保則規定使用期限不能超過18個月。
這一種藥物有一項值得注意的警訊，在老鼠實驗中，高劑量Teriparatide（人體使用劑量的大約3～60倍）可能提高骨肉瘤（一種惡性骨腫瘤）的發生率，因此不能用於骨肉瘤高危險群，或曾經接受骨骼放射線治療的病患。
參考資料:康健雜誌