花蓮慈濟醫院肝病研究中心在2009年10月初，由主任胡志棠代表參加，台灣消化系醫學會主辦的「2009亞太消化醫學週」（Asian Pacific Digestive Week），於會中報告「蝸牛基因在肝癌細胞與其他轉錄因子的交互作用」研究論文（SNAIL Associates with Egr-1 and SP-1 to Upregulate P15INK4b Transcription in HepG2 cells），經嚴格審核，從三、四十個亞太地區國家中脫穎而出，榮獲年度亞太消化系醫學會特殊研究獎（S-K Lam Young Investigator Award）。

2009年花蓮縣優良醫療機構表揚典禮，12月7日上午花蓮縣衛生局大禮堂舉行。花蓮慈濟醫院二十三年來，專業與人文並重的醫療服務獲得肯定，在「醫療機構」、「居家護理機構」項目都獲得考核優等，而「家庭暴力暨性侵害防治業務」則是獲得甲等。

行政院勞委會選拔2008年推行勞工安全衛生優良單位及人員，花蓮慈濟醫院投入維護院內安全環境不遺餘力，榮獲「推行勞工安全衛生優良單位獎」，成為五十九個獲獎單位之一。

一年一度的人力創新獎10月9日於台北頒發，今年(2009年)有六家大型事業機構獲獎，花蓮慈濟醫院也榜上有名，評審委員表示，花蓮慈院將「人文」融入員工培訓的醫療理念，獲得評審團一致肯定。

花蓮慈濟醫院榮獲頒2007年十大潛力企業「金炬獎」！這是花蓮慈院繼2006年獲得第十屆傑出企業「金峰獎」之後，再度獲得醫藥保健類的殊榮，也是台灣醫界唯一獲獎的機構。由傑出企業管理人協會主辦，台灣經濟研究院、全台總工會及資策會協辦的第六屆十大潛力企業「金炬獎」，主要評核項目有企業成長歷程的績效、企業的各項管理制度規劃的完整性、近來卓越的成就事項、國際化的具體作為及成效、在社會公益的奉獻成果、及在企業文化及形象的塑造與具體作為等。