慈濟醫療法人於二○一八年九月十八日上午九點半在臺北慈濟醫院三樓合心會議室舉辦「內部控制說明會暨工作坊」，內控的目的就是要績效優化與防弊，此次與會同仁包括醫療法人及六院各科室主管，先由醫療法人執行長辦公室及稽核室進行內控作業說明，接續進行工作坊，由六家慈院分小組，練習風險評估、設計內控作業、有效監督內部控制制度的執行。
九月二十八日，印尼蘇拉威西島下午3點多先發生6.1，晚上18:02驚傳7.5的強震（10公里極淺層），引發6公尺高海嘯，造成建築物毀損，民眾倉皇逃離，目前已知超過一千二百人往生，附近城鎮多數居民仍失聯。一日中午，花蓮慈濟醫院許文林副院長、吳彬安副院長、羅慶徽副院長與王立信顧問以及護理部主任章淑娟帶領同仁，與志工、花蓮鄉親，一起為印尼祈禱，誠心祈求諸天佛菩薩保祐受災的民眾。
又到了與慈懿會爸爸、媽媽相聚的日子，在中秋佳節前，花蓮慈濟醫院在九月十九日下午準備文旦柚和蘋果，感恩「爸爸、媽媽」師兄師姊的關懷與陪伴，院長林欣榮說，取柚子和蘋果的諧音，祝福爸爸、媽媽們「又(柚)平(蘋)安、又健康」。
九月五日下午，花蓮慈濟醫院大量傷患作業系統正式上線，為了測試系統在實際操作上的流暢性及便利性，花蓮慈院啟動大量傷患演習，讓同仁熟悉新系統外，也能改善以往病人辨識不易、醫師無法開立醫囑、人工上傳耗時、尋人不易、人數統計等等問題。
中秋節將至，花蓮慈濟醫院九月十二日，洋溢著溫馨的佳節氛圍，精舍師父感恩堅守崗位的醫護、行政同仁，捎來了感恩與祝福，方師傅點心坊的負責人方漢武也送上將近三千份愛的月餅，並由副院長許文林、羅慶徽、何宗融、護理部主任章淑娟分成三條動線，親自將這些愛心與祝福送到各單位的同仁手中，與大家分享佳節喜悅，祝福所有院內同仁中秋節快樂！
九月份開始，56位慈濟大學醫學系五年級醫學生，正式加入花蓮慈濟醫院大家庭，展開為期兩年的「Clerk」實習醫學生生涯。今年還有13位學士後中醫系四年級學生也同期加入實習的行列。對於這群剛進入臨床的新鮮人來說，從課堂改為面對「活教材」，如何從臨床病人中學習，是一大挑戰，副院長陳宗鷹期待他們能把握時間學習，並將「愛與關懷」帶到醫病關係上。
八月三十日下午，花蓮慈濟醫學中心針對菲律賓胸腹不對稱萎縮型連體嬰薇若妮卡(Veronica Cominguez) 召開醫療會議。醫療團隊除了召集人賴鴻緒教授、副召集人彭海祁主任、主治醫師張睿智主任，還有院長室林欣榮、副院長許文林、陳培榕，召集整形暨重建外科、心臟外科、胸腔外科、一般外科、骨科部、小兒部、精神醫學部、復健科、急性照護暨創傷外科、影像醫學部、護理部、手術室醫護團隊、麻醉部、解剖病理科等相關醫療團隊，共同就檢查報告進行評估，確定後續手續治療時程。
