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本院於104年9月7日因醫療爭議事件，家屬率眾至本院抬棺抗議，本院至表遺憾，特說明如下：醫院是眾多病人接受治療及養病之所在，保持安寧及秩序為醫院管理者責無旁貸的責任。對已經進入司法程序之爭議事件，家屬執意率眾至本院抬空棺抗議，本院至表遺憾，除感謝公權力維持現場秩序，對家屬於臉書及回應者散播之公開言論、媒體散播之非事實，本院已進行蒐證，依法處理。

    民眾來函(電)告知，高雄市張啟華文化藝術基金會執行長許禮安於民國104年12月13日發表「安寧療護思考短文27宗教醫院變成財團」一文，本院說明如下：

     花蓮慈濟醫院查證後，許先生所謂民國92年要求提升業績至10%、16%，減薪18％等數字，或謂「我不在場」，或稱「接到內幕消息」，顯見其為道聽塗說，皆非事實。

關於媒體報導慈濟醫療體系換藥一事，目前換藥議題在慈濟醫療體系內部尚於討論階段，並未有任何的決議，而慈院換藥主要原則會充分尊重臨床醫師的決定。