全院現有建築除大愛樓外，第二期為感恩樓；因應醫學中心日益增加的需求，第三期為具隔震效果，設有急重症中心與病房的合心樓；為提昇醫療研究，兼具行政與研究功能的協力樓，儀器設備齊備新穎，專業醫療更臻善境。

　　於臨床、教學、研究三大面向積極努力；全科別的醫療專業水準，堪比國際，從二○○四年接續治療國際複雜醫療個案，以及至今兩例連體嬰分割成功案例等。啟業隔年即建立花東「開腦醫院」的口碑，現今神經醫學科學中心表現亮眼國際，如：巴金森氏症、癲癇以及腦瘤、幹細胞移植等艱難疾病治療深獲肯定，研究發表亦屢獲國際殊榮。花蓮慈濟醫院承擔東臺灣急重症治療的後送堡壘，急診與內外科加護團隊日夜守護，救心團隊二十四小時待命搶救心疾患者，心導管介入治療與心房顫動治療的三度空間心律不整脈定位術皆為國際級水準。

　　癌症醫學中心於二○○九年通過Ａ級評鑑，十一大癌症團隊合心協力，提供癌症預防、早期診斷與治療、到臨終照護等全方位醫療服務。器官移植中心成立至今，助腦死病人遺愛人間，且於社會各階層宣導器官捐贈觀念不遺餘力，活體腎臟、肝臟移植的手術極高存活率，不僅搶救生命，也體現了生命存續的真義。居家往診、偏遠地區醫療更妥善照顧偏遠醫療缺乏地區的病人。

　　二○○九年花蓮慈院以優等通過教學醫院評鑑；設有「標準化病人中心」、「臨床技能訓練與評估中心」，以小組教學、問題導向、實證醫學教育，執行內外科小型臨床立即教學評估（Mini-CEX）、數位學習等多樣教學模式，立志成為醫學臨床教學典範。

　　二○一一年七月於創院二十五年院慶前夕，佛教慈濟綜合醫院獲頒由經濟部國際貿易局選拔之「臺灣百大品牌」殊榮，由現任院長高瑞和（時任副院長）代表領獎。慈濟醫療志業林俊龍執行長，感恩鄉親對慈濟醫院的肯定，與慈濟志工一路相伴，醫療團隊將更努力承擔守護鄉親、守護生命、守護健康的責任。

　　邁開第二十六年的步伐，花蓮慈濟醫院穩健地秉持以病人為中心的服務理念，朝向成為國際級醫院典範的目標繼續努力。