花蓮慈院除了不斷提升醫療品質與技術外，對於落實各式醫療與一般廢棄物分類與減量等環保執行稽核，也是醫院發展的重點之一。11月5日上午，環保署舉辦『2010年廢棄資源物管理績優頒獎典禮』，歷經各事業主管機關初評，與試評小組複評出二十一家績效優良單位，其中花蓮慈院獲得環保署評定的績效特優機構，成為醫學中心類組唯一一間獲獎醫院。

繼2001年成為全台首家通過ISO9001：2000年版驗證後，2010年8月花蓮慈濟醫學中心再次成為通過ISO9001：2008驗證，不但是首家通過ISO國際品質保證驗證的醫學中心；更獲得台灣檢驗科技股份有限公司（SGS）頒發標竿獎表揚，而這也是台灣首例由醫療機構獲得標竿獎的榮譽。

花蓮慈濟醫院肝病研究中心在2009年10月初，由主任胡志棠代表參加，台灣消化系醫學會主辦的「2009亞太消化醫學週」（Asian Pacific Digestive Week），於會中報告「蝸牛基因在肝癌細胞與其他轉錄因子的交互作用」研究論文（SNAIL Associates with Egr-1 and SP-1 to Upregulate P15INK4b Transcription in HepG2 cells），經嚴格審核，從三、四十個亞太地區國家中脫穎而出，榮獲年度亞太消化系醫學會特殊研究獎（S-K Lam Young Investigator Award）。

2009年花蓮縣優良醫療機構表揚典禮，12月7日上午花蓮縣衛生局大禮堂舉行。花蓮慈濟醫院二十三年來，專業與人文並重的醫療服務獲得肯定，在「醫療機構」、「居家護理機構」項目都獲得考核優等，而「家庭暴力暨性侵害防治業務」則是獲得甲等。