新冠肺炎(COVID-19)每日新增確診人數破萬，疫情對民眾與醫療環境來說都帶來壓力，尤其是民眾如果發現自己快篩出現陽性結果，更會擔心下一步該怎麼做，要去那裡做進一步的PCR核酸檢測，為了照顧快篩陽性的民眾，及時提供專業的醫療服務，花蓮慈濟醫院接受花蓮縣衛生局的委託，即日起，在急診室外獨立開設專門線路的快篩陽性-PCR採檢站，除了提供PCR篩檢服務，也會為出現發燒症狀的民眾進行發燒診療、開立藥物。

六到十一歲兒童疫苗於五月五日開打，由花蓮慈濟醫院承接花蓮縣十七所小學的疫苗注射任務，首站來到明義國小，為將近三百位小學生施打第一劑莫德納疫苗，配合中央政策，未滿十二歲孩童的兩劑疫苗施打間隔為十二週，注射劑量是每次零點二五毫升莫德納疫苗，相當於成人接種的半劑。花蓮慈院小兒部周威志醫師表示，接種疫苗雖然能提升保護力，但仍需要落實勤洗手、戴口罩等防疫措施，且接種後若出現嚴重過敏反應或疑似心肌炎、心包膜炎等症狀，須立即送醫。

四月二十八日，花蓮慈濟醫院再添環境清消利器，三台P1超紫光滅菌機器人（Hyper Light）、二台E3超紫光滅菌機器人到院，分別給護理部、腎臟內科、總務室做病房、血液透析室、電梯、車廂等環境清消滅菌，林欣榮院長指出，希望同仁提供團隊乾淨無虞的空間，以及病人安心就醫的環境。

二零二一年八月，一名越南的四歲男童Tin（化名）為了治療血癌，在母親的陪伴下搭乘飛機橫跨海洋，到了花蓮慈濟醫院進行非親屬異體幹細胞移植。由於受到COVID-19疫情影響，任何跨國醫療行為都需要經過嚴格審核，在花蓮慈院國際醫學中心和越南當地醫院的溝通和努力下，Tin才能順利到臺灣求醫。經過八個月漫長的療程與恢復期，Tin終於恢復健康，預計於五月初回到久別的家鄉！