終在當時臺大醫院外科陳楷模主任大力協助下，第一位骨科陳英和醫師應允前來，但各科之主治醫師仍十分難尋。開業初期仍以輪調方式，由臺大醫院醫師支援。一九八六年八月一日，教育部核准慈濟醫院與臺大醫院簽署建教合作。

　　同年八月二日，慈濟醫院召開啟業前記者會，宣布禮聘前臺大醫院副院長耳鼻喉科專家杜詩綿教授為院長，心臟內科醫師曾文賓教授為副院長，並將舉辦為期兩週的義診。義診至八月十五日圓滿結束，總計服務超過七千兩百人。院長杜詩綿於記者會上報告醫院組織、設備以及營運方針，並公布「慈濟綜合醫院開業後，以看病為要，不必先繳保證金」。
　　一九八六年八月十七日，距上人宣布建院構想後十一年又三個月，佛教慈濟綜合醫院正式啟業。同年十二月八日，行政院衛生署通函各公立醫院及財團法人醫院，自翌年元月起，住院毋須繳納保證金。從此，全臺民眾不再需擔心看病要先籌措一大筆保證金才能住院治療。

　　啟業初期，一期醫療大樓（即今「大愛樓」）設病床兩百五十床，另外有十一個專科診療，花東地區最具現代化功能的醫院終於誕生。

　　但啟業兩年後，醫院仍深陷醫護人力欠缺的困境，張耀仁、陳信典、陳瑞霞也是最早期前來的醫師之一。一九八八年八月一日，簡守信、郭漢崇、李仁智、趙盛豐、黃呂津等十幾位臺大的年輕醫師同時加入，為慈院注入一道活水清泉；王本榮校長也是在這時前來支援。一九八九年五月王英偉、七月的劉安邦、楊治國到職，及一九九○年七月的于載九、許世祥、許永祥、八月林憲宏，一九九一年七月王志鴻、潘永謙、鄺世通、八月到職的李明哲等，至今都已是在各專業領域深具信譽的醫師了。
　　慈濟醫療最大的特色與最重要的軟體「醫療志工」，緣起於啟業該年的十二月一日所成立的「慈濟服務隊」，顏惠美師姊等一百五十多名志工接受培訓。如今醫療志工隊伍浩蕩長，永遠是醫護同仁的最佳後盾，面帶微笑有「軟體中的軟體」之譽，膚慰無數病苦患者與家屬。