小顆的腎臟結石會引起腰痛，主要是因為石頭塞住輸尿管的出口，引起腎盂肌肉收縮所產生的高壓力而產生腎絞痛。腎結石除了絞痛之外還會伴隨著血尿，有時候也會產生細菌感染而產生急性腎盂炎，而有發燒、發冷的現象。腎結石除了發炎之外，最怕引起腎功能的損害。除了結石產生的阻塞之外，發炎也會產生腎臟結疤，逐漸會使腎功能減退。腎結石的診斷都十分簡單，如果發生腰痛、血尿的情形， X光發現腎臟有鈣化的陰影，就可以診斷為腎臟結石。腎臟超音波檢查發現結石產生無回音區，便可以確定有腎臟結石。

輸尿管並不會單獨長出結石。如果結石大於0.5公分以上，輸尿管便可能會因為結石卡住而發生阻塞。當輸尿管發生痙攣的時候，會相當的疼痛，而結石粗糙表面磨破輸尿管壁而產生血尿。輸尿管結石疼痛會沿著輸尿管的走向往下腹部走。除了理學檢查之外，尿液分析有紅血球或白血球增加的現象，也可以輕易的分辨出是否具有輸尿管結石。X光片檢查沿著輸尿管發現有顯影的結石陰影。我們也可以使用腎臟超音波檢查是否有輕微水腫的現象。有了輸尿管結石的症狀後，通常在急診室會給病人進行止痛的治療並且給予大量的輸液，來增加尿液的量，使得結石可以在足夠的尿液沖刷之後順利的排出。大部分的輸尿管結石在治療之後可以將小石頭排出。但是仍有少部分的輸尿管結石會卡住輸尿管造成腎臟疼痛，或是有腎水腫的現象，醫師便會安排輸尿管鏡取石手術或是進行體外震波碎石術的治療。